在當今的高級手卷雪茄製造中，使用改良煙草已成為一種趨勢。這種趨勢的出現，源於對創造獨特風味的不懈追求。使用新品種的最常見原因是為了風味，但在改良過程裡也創造出更能抵抗黑柄病和藍霉病等疾病的品種。現今種植的煙草幾乎都是採用通過雜交產生的品種。
一株煙草植物每盎司可以產生30萬至40萬顆種子，最多可達一百萬顆，這些煙草種子非常小，長0.75毫米，寬0.53毫米，厚0.47毫米，平均重量為0.08至0.09毫克，每克種子約有11000至12000粒。製造新品種的過程從交叉授粉開始，一般需要超過七年的時間才能完成。例如，如果要製造古巴種子和康乃狄克種子的雜交改良品種，需要對植物進行授粉，然後從母株上取下約20粒種子種植。在這20粒種子中，大約一半會像母株，其餘則像父株；常見的分布比例是12比8。選擇你偏好的一種，再讓這些植物與同特徵的其他植物授粉，並重複這個過程，每次淘汰掉看起來不符合標準的植物。在七到十個生長季節（通常是七到十年）後，植物的特徵將被固定，這樣從植物上獲得的種子將生長出幾乎相同的煙草植物。
雜交技術在煙草種植中已有悠久歷史。以古巴的El Corojo為例，這種主要用於製作雪茄外衣的煙草於1930年代在San Juan y Martinez外的El Corojo種植園開發。到了20世紀90年代中期，這種煙草被發現過於易受黑柄病和藍霉病影響。約在1997年，古巴種植了最後一批Corojo作物，隨後被Habana 2000取代，接著是Criollo 98和Corojo 99，這些都是Corojo的雜交改良品種，旨在提升抗病能力。
今天，這些雜交改良品種及其他如Habana 92等覆蓋了眾多古巴及非古巴雪茄品牌。例如，C.A.O. Criollo和Altadis S.A.的多個品牌，如Henry Clay Habana2000，均使用這些受歡迎的古巴雜交改良煙草。《雪茄愛好者》雜誌歐洲版主編詹姆斯·薩克林在2000年1月的一篇社論中揭露了Habana 2000煙草的背景，這是El Corojo和一種名為Bell 61-10的輕質古巴香煙煙草的混合品種。Habana 2000經過多次雜交，最初的雜交改良品種Habana 2.1.1於1980年代創造，後與Corojo進行第二次交叉，形成了最終的Habana 2000。自1992年起，古巴就開始培育這種種子。這種種子很快傳播到古巴以外的地區，尤其是中美洲。古巴移民尼斯托·普拉森西亞於1996年在尼加拉瓜種植了首批Habana 2000，之後擴展到洪都拉斯，並製造雪茄。
就像之前的古巴人一樣，普拉森西亞最初在處理煙草時遇到了困難。厚重的葉片需要比傳統古巴品種煙草更多的發酵時間，而且早期的Habana 2000雪茄燃燒不均勻。隨著對這種雜交改良品種的瞭解增加，種植者大幅改善其成品品質。現在，尼加拉瓜生產的Habana 2000被廣泛應用於眾多雪茄品牌，如Henry Clay和Santa Damiana，而墨西哥生產的版本則成為了Montecristo Platinum的特色。
雖然Habana 2000種子都擁有相同的基因，但種植地區的氣候與土壤的差異，使得最終煙草的風味大相逕庭。正如在古巴Vuelta Abajo種植的Corojo與在洪都拉斯或尼加拉瓜種植的味道不同，儘管這些地方採用相同的古巴煙草品種，且擁有數十年栽種經驗，但其風味仍無法與原產於古巴的煙草完全相同。
製造商通過雜交技術，結合不同菸草的優點，創造出獨特風味且具有良好抗病性的新品種，不同地區的土壤與氣候，為風味帶來更多可能；藉由濕度與溫度的調控，陳化的過程讓香氣更加馥郁。這種將科學與藝術結合的過程，為高級手卷雪茄的製作增添了更多的精緻度和複雜性。
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